Si vous voulez avoir de nouveaux Cos, finissez d'abord le mode Campagne. Ensuite, à l'écran des cartes de combat, Hiachi pourra vous vendre certains COs… Néanmoins, pour obtenir le pouvoir d'acheter les autres, certaines conditions devront être remplis : Kanbei : Pas de condition particulière si ce n'est terminer le mode campagne.
Eagle : Finissez le jeu en utilisant Sami pour les missions 15, 16, 17, 18.
Grit : Finissez le jeu et utilisez Max pour la mission 4.
Drake : Finissez le jeu, utilisez Andy pour les missions 15, 16, 17, et 18.
Sonja : Finissez le jeu, réussissez la mission 9 en 8 jours ou moins, la mission 10 en 10 jours, la mission 11 en 12 jours, et battez les missions secrètes 12, 13 et 14.
Sturm : Finissez le jeu et débloquez tous les autres COs.

Pour avoir le nouveau mode de jeu appelé "Advance Campaign", il faut d'abord que vous ayez terminé le jeu en mode "Campaign". Ensuite, vous pourrez acheter le mode "Advance Campaign" à l'écran des cartes des combats. Achetez-le donc. Ensuite, pour y jouer, commencez une nouvelle campagne en laissant appuyé le bouton Select. Le jeu sera ainsi beaucoup plus dur, mais vous obtiendrez plus d'argent quand vous réussirez une mission.

Dans une partie, appuyez sur START+SELECT+B+A pour réinitialiser le jeu.

Tout de suite après avoir allumez votre GBA, maintenez enfoncés L et Select et Droite. Vous arriverez alors à un écran vous permettant d'effacer vos sauvegardes.

Premièrement, vous devrez finir tous les niveaux d'entraînement. Ensuite, retournez à l'entraînement, et ce nouveau tutorial sera disponible.

OC disponibles : Andy / Max / Sami
OC ennemi : Kanbei
Objectif : Détruire toutes les unités adverses/capturer le QG
Construction d'unités : Non
Fog of War : Non

Note : si vous menez à bien cette mission en 8 jours, Mighty Kanbei en 10 jours et Kanbei's Error en 12 jours, vous déverrouillerez trois missions contre Sonja.

Stratégie :
Commencez par attaquer ses unités d’infanterie lourde avec vos Tanks M. Conservez le reste de vos forces derrière la chaîne de montagnes mais placez-les en position d'attaque.
Après la destruction des Rockets, ramenez vos Tanks M afin de bloquer les cols de la chaîne de montagnes.
Lorsque Kanbei montera à l'assaut, attaquez-le à l'aide de vos armes à tir indirect puis progressez à travers la chaîne de montagnes pour l'achever.

Clé de la victoire :
Empêchez Kanbei de franchir les montagnes.
Objectif recommandé : détruisez toutes les unités ennemies.

OC disponibles : Andy / Max / Sami
OC ennemi : Kanbei
Objectif : Nettoyer 15 bases.
Construction d'unités: Oui (astuces de construction d'unités)
Fog of War : Non

Note : si vous menez à bien cette mission en 12 jours, Kanbei Arrives en 8 jours et Mighty Kanbei en 10 jours, vous déverrouillerez trois missions contre Sonja.

Stratégie :
Détruisez le Bombardier situé au nord à l'aide de votre Chasseur puis envoyez un Hélicoptère de Transport chargé afin de capturer les villes du nord.
Construisez d'autres Hélicoptères de Transport et de l'Infanterie que vous acheminerez sur l'île centrale et celle située au nord-est.

Après avoir pris le contrôle de l'île centrale, construisez quelques Hélicoptères de Combat et Bombardiers afin de détruire les unités d’Infanterie ennemies lorsqu'elles tenteront de capturer d'autres villes.

Clé de la victoire :
Capturez et tenez l'aéroport de l'île centrale.
OC recommandé : Sami

Appuyez sur Start pour passer les dialogues.