Konami Corporation, créée en 1969, était à l'origine une société de location et de réparation de jukeboxs à Osaka, au Japon. Kagemasa Kozuki, le fondateur, est toujours le président du conseil d'administration et le PDG de la société. Le nom Konami est basé sur les premières syllabes des noms de Kagemasa Kozuki, Yoshinobu Nakama, Hiro Matsuda, et Shokichi Ishihara, qui étaient des partenaires de Kozuki (et fondateurs de Konami Industry Co., Ltd). Konami signifie aussi "Petites vagues".

Le 19 mars 1973, Kozuki transforme sa société en Konami Industry Co., Ltd. et commence à travailler sur des "machines de divertissement" pour les salles d'arcade. Mais leur première véritable machine de jeu ne fut pas créée avant 1978. Ils finirent par rencontrer le succès avec des jeux d'arcade tels que Scramble et Super Cobra, en 1981.

Entre 1982 et 1985, Konami fabriqua et vendit des jeux pour les consoles MSX et Famicom. Cette nouvelle branche était complémentaire de celle des jeux d'arcades, et la plupart des hits sur console étaient des adaptations de ces mêmes jeux. Konami of America Inc. fut établi à Torrance en Californie en 1982, mais se déplaça en Illinois en 1984. La même année, Konami Limited. fut créé au Royaume Uni.

Konami commença à réaliser de grands succès quand la Nintendo Entertainment System (NES) sortit aux Etats-Unis. Plusieurs des titres les mieux vendus sur la NES/Famicom ont été produits par Konami, avec entre autres Gradius, la série Castlevania, la série Contra/Probotector, et Metal Gear. Konami était l'un des studios de développement tiers les plus actifs et les plus prolifiques pour la NES, ce qui le mena à être en conflit avec Nintendo of America et ses restrictions de licence.
Pendant l'apogée de la NES, Nintendo of America controla la production de tous les jeux licenciés NES et imposa comme limite aux développeurs un maximum de cinq jeux par an. Plusieurs compagnies trouvèrent une méthode pour contourner cette restriction en fondant des entreprises subsidiaires quasi-indépendantes, doublant efficacement le nombre de jeux qu'elles pourraient sortir pendant l'année. Dans le cas de Konami, cette filiale fut Ultra Games, et un grand nombre de titres de Konami ont été édités en Amérique du nord sous leur nom, y compris le premier Metal Gear, Gyruss, Skate or Die, les deux premiers Teenage Mutant Ninja Turtles et le très critiqué Snake's Revenge (une suite créée au Japon exclusivement pour le marché occidental).
En Europe, confrontée à une restriction semblable mise en place par la branche Européenne de Nintendo, Konami créa Palcom Software Ltd. pour la même raison. Au début des années 90, Nintendo of America réduisit ses restrictions de licence draconiennes, et ainsi, Ultra, plus du tout nécessaire, fut fermé en 1992. Le reste de son personnel fut absorbé par la branche américaine de Konami.

En 1992, des membres de Konami démissionnèrent pour créer un nouveau développeur de jeux, Treasure Co. Ltd, qui devint de la même manière que Konami connu pour ses jeux de type Shoot'em up et action, jeux réputés auprès des hardcore gamers pour leur difficulté.

Lors de l'année 1999, Konami déplaça une fois encore ses bureaux Etasuniens de Buffalo Grove en Illinois vers Redwood City, en Californie. Les bureaux de Buffalo Grove restèrent ouvert seulement pour la fabrication des jeux d'arcade de Konami.

En 2003 la compagnie changea de logo à l'occasion des 30 ans de Konami Industry Co., Ltd. Ce fut aussi l'année où furent fermé définitivement les bureaux de Buffalo Grove et par conséquent la division arcade nord américaine de Konami, pour cause de gros déficits. Le nouveau distributeur pour la région devint Betson Enterprises.

Konami devint en 2005 l'actionnaire majoritaire de Hudson Soft, un autre développeur Japonais. L'entreprise est aujourd'hui le 4ème plus gros développeur au Japon, derrière Nintendo Co. Ltd, Sega Sammy Holdings, et le récent Namco Bandai Holdings.