Contrairement aux épisodes précédents sortis sur Nintendo DS (et aux trois sur WiiWare, mais qui n’ont jamais vus le jour en Occident), Pokémon Mystery Dungeon : Magnagate and the Infinite Labyrinth sera disponible en une seule version. Le soft reprend les bases de ses prédécesseurs. Au début du jeu, on devra toujours répondre à un questionnaire afin d’incarner un Pokémon qui correspondra aux réponses données. Ensuite, il faudra choisir son partenaire parmi plusieurs Pokémon comme Pikachu, Vipélierre, Gruikui, Moustillon ou Coupenotte. On apprend aussi que les Pokémon de toutes les générations seront présents, mais pendant la première partie de l’aventure, la cinquième génération sera privilégiée (étant donné que c’est la première fois qu’elle fait son apparition dans un Pokémon Donjon Mystère). En ce qui concerne le village, il sera bien évidemment différent par rapport aux précédents volets. Tout d’abord, au centre du village, on trouvera un Insolourdo qui nous donnera des quêtes. Kecleon sera toujours présent en tant que gérant de la boutique, et ce sera désormais un Charkos qui tiendra la banque. Enfin, Trompignon, Tutankafer, Pashmilla et Solochi tiendront aussi des boutiques, mais elles restent encore inconnues actuellement.
L’autre nouveauté de Pokémon Mystery Dungeon : Magnagate and the Infinite Labyrinth, est que le titre proposera des fonctions de Réalité Augmentée. Par exemple, en scannant des QR Codes ou bien, comme on peut le voir dans les médias ci-dessous, en filmant des objets ronds, il sera possible d’accéder à de nouveaux donjons grâce aux Magnagate.